由于高新技术企业最主要的优惠是企业所得税，所以在企业享受高新带来的优惠政策的同时，如果税务主管机关对企业高新认定有异议可提请市科委或所属科技部门对所属企业进行抽查，企业如被抽查到需安排相关（企业研发人员及财务负责人员与高新申报人员）人员携带高新技术企业认定申报材料到科委现场讲解资料做答复，答复无异的企业可继续享受优惠政策，如未通过核查将取消高新技术企业资格并依法补缴企业所得税与相关滞纳金。

根据 2016 年《高新技术企业认定指引与认定管理办法》规定，企业取得高新资质后自取得证书下一年起必须在高新技术企业认定管理工作网站（https://tyrz.chinatorch.org.cn/hjismp/a/login#gq）进行企业年报，连续两年未申报或填报信息不符合高新认定指标要求的企业将被取消高新资格。高新技术企业年报数据需与企业年度审计报告数据一致，企业及时进行高新技术企业年报，有助于企业所得税优惠的持续享受，从而降低企业被税务稽查风险。

由于高新技术认定对企业创新的要求，需要企业持续自主创新研发投入。企业首先要对自身的科研项目有合理合规的立项（包括完整的立项报告、立项决议书、验收成果报告以及效用情况报告），每个项目需建立完善的符合研发费用归集标准的研发辅助账。

符合高新技术政策要求的企业需做研发费用税前加计扣除，研发费用税前加计扣除政策可以帮助企业完善科研项目立项情况，通过向税务审核企业研发费用税前加计扣除，可以更好的帮助高新技术企业理解加计扣除税收减免政策，使企业研发费用归集走向正规化。

国家税务总局为减少企业备案流程，对高新技术企业税收备案进行网上填报，汇算清缴时填写高新技术企业证书号与高新技术企业对应报表即可直接申报享受所得税税收优惠。

(1) 高新技术企业优惠明细表填写

税收优惠基本情况、收入指标、人员情况、研究开发费用、减免税情况都需要企业按实认真填写。由于该表是需要填报三个年度的，即本年度、前一年度、上一年度。都是需要符合高新技术企业的基本要求的，如果数据不达标那企业就不属于高新的所属范畴，所以企业在填报该表时应仔细认真填写。

(2) 研发费用加计扣除明细表填写

高新技术企业享受了研发费用加计扣除优惠政策，一定要在汇算报表中勾选并填写 “加计扣除优惠明细表”，填报该项数据要与企业享受的研发费用加计扣除数据完全一致

(3) 期间费用明细表研究费用填写

高新技术企业认定过程中，企业研发费用是认定的重要依据，在认定过程中，企业 研发费用辅助账如果不符合要求会一票否决，所以企业取得高新证书后一定要按照要 求做好研发费用的归集。

一个企业在高新认定过程中，研发项目立项是企业科技成果确立的前提条件，研发 项目立项与企业研发费用辅助账息息相关，只有在确定研发立项后才能有对应的辅助 账，高新技术企业建议每年有 3-5 个的研发立项，如果企业暂时无法确定项目名称时可以用代码表示，比如说：“公司简称+AA/BB 项目”，“客户管理 AA 项目”，“考勤管理 AA 项目”等。 

知识产权是企业研发的科技成果，是企业申请高新的重要组成部分，在高新认定过程中占高新认定分值中的 30%，一个企业的知识产权与企业的科技成果转化是紧密相结合的，在每年的年报过程中均有体现上一年度取得的知识产权数量，有些企业每年年报中会填写“0”，这个显然与高新技术企业政策是不太相符和的，如果企业每年有研发立项，且该立项并未跨年研发的话都应该当年申请相应数量的知识产权，而不是到第三年高新认定时集中申请。 

2016 年高新技术企业指引对研发费用比例做了相应的调整，降低了企业研发比例的 百分比，由原来的 6%、5%和 4%（0-5000 万收入占比 6%，5000 万-2 亿收入占比的 5%， 2 亿以上的 6%），分别下调为 5%、4%和 3%，企业在每年的研发费用占比中应符合上述要求。